由于种种主观、客观条件限制，现在的环境保护税设计尚嫌偏于保守，仅是总体平移了原排污费的负担，改革力度还显得不足。
征收环境保护税是我国建立和完善基础能源价格形成机制的重要一环，要求税率的设定尽可能充分反映环境污染排放带来的外部社会成本，而现行的环保税税率设定偏低。环保税法明确遵循的原则之一是“将排污费制度向环境保护税制度平稳转移”，包括依据现行排污费收费标准为基础设置税率标准。但原排污费被诟病行之无效的关键因素之一,就是征收标准偏低，甚至远低于排放企业的污染治理成本，结果是排放企业宁愿缴纳排污费也不愿意治理污染，有违“设立排污费形成经济激励促进企业减排”的初衷。
以电厂为例，根据环保部环境规划院的估算，电厂脱硫成本约为2元/千克，脱硝成本约为5元/千克，均高于环保税1.26元/千克的税率水平。如果不调高税率水平，那么开征环境税对于电厂减排的促进作用将会大打折扣甚至几乎落空。
此外，在部分已经执行高于国家标准环境费率的地方，新的环保税税率需要考虑地区差异。从法律角度看，《环境保护税法》制定了环境保护税税额上限，并没有给予地方政府依照自身减排需求和意愿设定更高税率的空间，这并不利于环境保护税在一些地方发挥更大的促进减排作用，今后应考虑在该法的动态优化中加入这样的地方权变空间，替代、置换原区域性的税外调节。
《环境保护税法》规定对于非规模化养殖的农业、达标的城镇污水处理厂和生活垃圾处理厂免征环境保护税。这依旧是平移了现有排污费体系中对于免征范围的规定。但这几类排放源已日益成为我国的主要污染排放源，而且是中长期排放的主要来源。2013年城市排放占到我国废水排放总量的近七成，在过去五年呈现逐年上升态势。2014年-2020年，我国城镇生活垃圾将新增约3162万吨，由此带来生活垃圾处理厂渗滤液的化学需氧量、氨氮、磷等污染物问题都将相当可观。
考虑到这些领域的排放和污染以及其增长趋势，在将来应当寻找机会运用包括环境保护税在内的长效机制进行更有效的调节治理。在今后环境保护税修订过程中，应当寻求突破，对这些行业开征环境保护税。
从全局和长远考虑，积极借鉴国际上的碳税经验，对中国来说不可回避。以经济手段为主促进广大市场主体和社会成员内生地、自觉地节能降耗，是新常态下最主要的机制特征。在我国人大立法资源有限的情况下，错过这一轮意味着未来再开征碳税需要单独启动立法程序，可能需要更长的周期，的确比较遗憾。
我国计划于2017年开始运行全国碳市场，碳税可以成为碳市场的有益补充。对于单体排放源规模较小或过于分散、不利于由碳市场进行管理的行业，将来可以通过开征碳税来反映碳排放的社会成本，优化调控机制。
现在环境保护税偏于保守的设计，反映了各方对增税可能带来的企业压力、经济影响的顾虑。但设计更加严格、有力度的环境保护税方案和保证经济健康发展，决不是互不相容的对立关系。在稳定乃至适当降低宏观税负前提下，可以一方面进行结构性减税，选择一些特定税种削减企业税负水平，比如增值税和企业所得税等；另一方面通过结构性加税，即开征环境税弥补减税带来的税收收入减少，取得“双重红利”。在不增加甚至降低宏观税负的同时，以更优的结构化税收负担调节机制促进更有效的供给，优化实体经济结构、提升经济增长质量，保证可持续发展目标的实现。（来源：《财经》 ）
